Браты выконваюць забароненую алхімічную тэхніку трансмутацыі чалавека, імкнучыся ўваскрэсіць яе, калі Трыша памірае ад чумы. У выніку трансмутацыя дае зваротны эфект, і ў адпаведнасці з законам пры аднолькавым абмене левая нага і ўсё цела Эдуарда Альфонса сапсаваны. Эдвард губляе правую руку, каб выратаваць душу Альфонса, звязваючы яе з пячаткай крыві ў даспех. Рой Мустанг запрашае Эдварда стаць метадам аднаўлення цела Альфонса, які будзе даследаваны дзяржаўным алхімікам. Эдвард трыумфуе, стаўшы імем у адпаведнасці з пратэзамі апошніх канечнасцей, поўны металічны алхімік.
Праз тры гады Элрыкс шукае легендарны Філасофскі камень для рэалізацыі сваіх мэтаў. Марка дасылае свае нататкі, каб яны іх знайшлі, аднак яны даведаюцца, што істотным фактарам, каб сапраўды зрабіць Камень, з'яўляюцца чалавечыя ахвяры. Прыяцель Мустанга, Мейс Х'юз, працягвае даследаванні, але забіты з замаскіраванай Зайздрасцю за пошук стратэгій Гамункулу.
Убачыўшы з Ідзумі, Элрыкі даведаліся, што пераўтварэнне чалавека здзейсніла ёй на яе мёртванароджаным дзіцяці. Ізраільскі гамункул Прагнасць захапіў Альфонса, але яго выратаваў прэзідэнт Аместрыс кароль Брэдлі, які, як паказана, дзейнічаў як гамункулус Гнеў. Такім чынам, сквапнасць пераплаўляецца і ўвасабляецца ўнутры бацькі Гамункулаў. Вінры і Элрыкс вяртаюцца ў Цэнтральны Сіці, каб пайсці да Х'юза, але даведаюцца пра яго смерць. Лейтэнант Марыя Рос апраўлена за забойства Х'юза, але, відавочна, забіты Мустангам. Тым не менш, Эдвард даведваецца, што ад'езд Роса быў інсцэніраваны, каб яе можна было пераправіць Мустангам са Злучаных Штатаў у Сінг, дапамагаючы прынц Сінгі Лін Яо. Эдуард уз'яднаўся з Хогенгеймам, але пагарджае яго доўгай адсутнасцю.
Па ходзе аповесці галоўныя героі неаднаразова сустракаюцца з Гамункулі. Мустанг забівае пажадлівасць; Мустанг і Лінг захапляюць пражэрлівасць, аднак ён у выніку паглынае Зайздрасць і Эдварда, падобны на Лінг. Пражэрлівасць бярэ Альфонса на сустрэчу з Бацькам, але Лінг ператвараецца направа ў гамункула, у прыватнасці, у найноўшага аватара Прагнасці, калі астатнія ратуюцца ад жывата Пражэрлівасці. Элрыкі вызвалены, каб працягваць пераслед, пры ўмове, што бацька не будзе супраць іх.
Размясціўшы падземны тунэль пад Брыгсам, генерал Аліўе Армстранг знайшоў Айца і Элрыкаў і стварыў нацыянальную групу па пераўтварэнні, якая мае намер даць сваім грамадзянам магчымасць узняцца да бога. Прагнасць здаравее, здраджвае ўспамінам Айца і яго папярэдняга "я", аб'ядноўваючыся з пасля і Эдвардам, прыслужнікамі хімеры Кімблі Хоэнхайм. Хогенхайм расказвае сваім сынам паасобку, што ён не смяротны, айца ператварыў яго ў жывы Філасофскі камень чатырыста гадоў таму.
Надыходзіць Дзень Абяцання, і Айцец рыхтуецца пачаць сваю стратэгію, маючы зацьменне, і тых, хто паспрабаваў ператварыць чалавека ў якасці важных ахвяр. Розныя героі канфліктуюць з паслугачамі Айца, і ўсе Гамункулы заканчваюцца. Пасля прымусовага Мустанга, а таксама Элрыкаў, Ідзумі, Хогенхейм збіраюцца, бо бацька выклікае нацыянальную трансмутацыю. Тым не менш, Шнар і Хогенхайм актывуюць Амерыкаў для выратавання контрмерамі. Бацька сапсуе прагнасць, хаця тата сутыкаецца над зямлёй, дзе галоўныя героі змагаюцца з ім, каб зносіць свой філасофскі камень.
Альфонс, чыя даспехі амаль сапсаваны ў выніку апошняга канфлікту супраць Айца, аддае яго духу, каб аднавіць правую руку, а той, у сваю чаргу, разбурае Камень Айца, адпраўляючы яго назад у эфірныя Брамы Праўды Эдварда. Эдвард губляе сілу алхіміі, каб аднавіць душу і цела Альфонса. Хогенхайм бачыць магілу, дзе ён памірае, усміхаючыся Трышы.
