Сярэдняя школа мёртвых ствараецца ў цяперашняй Японіі, пачынаючы з таго, што планета пацярпела ад фатальнай пандэміі, якая ператварае людзей у зомбі, якіх з асноўных герояў эўфемічна называюць "Іх" (?? Яцура?).
Сюжэт прысвечаны шэрагу старшакласнікаў (а таксама медсястрам), калі яны спраўляюцца з выкарыстаннем сусветнай катастрафічнай падзеі, якая называецца "Ачаг". Ім таксама даводзіцца супрацьстаяць далейшым рызыкам сацыяльнага падзення ў выглядзе небяспечных тых, хто выжыў, і патэнцыяльнаму распаду іх маральных кодэксаў, калі акцёры спрабуюць перажыць зомбі-апакаліпсіс. Пачынаючы з ГС, вучні ўцякаюць у горад у тым месцы, дзе ім даводзіцца спраўляцца з яго вучнямі і сапсаваным настаўнікам. Яны атрымліваюць сабаку, а таксама маленькую дзяўчынку, і ацэньваюць наяўнасць тых, хто выжыў у іх дамах. Пасля яны, нарэшце, прабіраюцца да пачатковай школы, якая нібыта з'яўляецца ахоўнай зонай, праходзяць праз паліцэйскі ўчастак і апошні раз у гандлёвым цэнтры.
