У 2065 г. Зямля апынулася ў цэнтры вайны з дадатковымі вымярэннямі прышэльцамі пад назвай Нова. Узброеныя сілы распрацоўваюць і трэніруюць Пандорас, дачок, якія могуць выкарыстоўваць спецыяльную генетычную тканіну, званую Стыгмата (Сейкон), каб паказаць звышчалавечыя сістэмы і навыкі баявой зброі. Падтрымку пандораў аказваюць партнёры-мужчыны, якія называюцца Абмежавальнікамі, якія выкарыстоўваюць асаблівыя паўнамоцтвы "замарожвання", каб абмежаваць свабоду канкурэнцыі.
Любы з гэтых абмежавальнікаў - Казуя Аой, нябожчыца якой была Пандорай. Казуя сустракае моцную Пандору, спадарожніка Эль Брыджыт, якую празвалі Недатыкальнай Каралевай, на яе бяздушны стыль і надзвычайную афефабію падчас наведвання Акадэміі Заходняй генетыкі ў Японіі. Нягледзячы на папярэджанні аднакласнікаў, каб пазбягаць Satellizer, Кадзуя сябруе з ёй і просіць стаць яе абмежавальнікам. Спадарожнік пагаджаецца мець зносіны з ім, хаця неўзабаве яна трапляе на спаборніцтва ў любоўных адносінах па імі Рана Лінхен, якая лічыць, што Казуя з'яўляецца яе роднаснай душой пасля таго, як падтрымала яе ў некалькіх баях з каледжамі, якія мяняюць пазіцыі і курсы. Калі Novas нападае на свой каледж, выкарыстоўваючы падкантрольных ім Pandoras, каб атрымаць доступ да падземнай лабараторыі ўстановы, іх канкурэнцыя здымаецца.
Satellizer і Kazuya далучаюцца да некалькіх вучняў Заходняй генетыкі ў лабараторыю на Алясцы, дзе яны могуць дапамагаць разам з задачай Evolution Pandora (E Pandora), што дазваляе звычайным жанчынам атрымаць трансплантацыю стыгматы, каб стаць Pandoras. Калі адзін з E Pandoras ашалеў, астатнія задаюцца пытаннем, ці не небяспечныя лекі ў эксперыменце, але прымушаюць выконваць пажаданні бізнес-арганізацыі, а таксама кіраўніка. Выявіўшы, што пакуль яны не будуць выдаткаваны, яны будуць выкарыстаны, E-Pandora Amelia Evans накіроўвае паўстанне, якое перарастае ў поўную сілу на Nova Clash.
Казуя даведаецца больш пра сувязі сваёй сям'і з Нова, а таксама з Пандорай. Дзядуля Кадзуі Генго Аой знайшоў тую ж працу, у выніку якой Рана і Сатэлізатар апынуліся ва ўнікальнай камандзе з жанчынамі Валкірыі. Тым не менш, на працягу дэманстрацыі з індывідуальна распрацаванай Nova, якая з'яўляецца фіктыўнай, Пандоры адчуваюць ілюзіі, а таксама фіктыўныя Novas становяцца легіёнам 100-х гадоў Nova, якія знішчаюць генетыку. Генго супрацьстаіць гэтаму, развязваючы легендарных Пандораў, якія з'яўляюцца цёткамі Кадзуі. Спроба шэвалье з мэтай забойства Генго, у якім працаўладкавана некалькі асуджаных, называлася Бастэр, калі некалькі легендарных Пандораў ператвараюцца ў смяротныя Нова, але прызначэнне развальваецца.
