Ю ☆ Гі ☆ О! Arc-V засяроджваецца вакол Юуя Сакакі, таямнічага Дуэліста забаў, вядомага як "Фантом", разам з трыма іншымі асобамі: Юто, Юго і Юры. За ім пагналася кампанія Leo Corporation за ўзлом іх Solid Vision з масавай сістэмай і выкарыстаў яго ў сваіх мэтах.
У бегавым рэжыме ён сустракае Юзу Хірагі, дачку дырэктара школы паядынкаў Сю Зо Дзюэ, якая апынулася на мяжы банкруцтва і падманула Юю дагавор на выхаванне ў яе школе. Аднак, перш чым Юйя змог выкладаць у школе, ён спачатку павінен знайсці картку пад назвай Genesis Omega Dragon, якая сказала, што вызначыць лёс свету, які таксама звязаны з яго рассеянымі ўспамінамі.
Гісторыя змешчана ў альтэрнатыўнай версіі горада Маямі, дзе кампанія Leo, якой кіруе яе прэзідэнт Рэйдзі Акаба, дамінуе ў большасці сістэм Solid Vision па ўсім горадзе. Распаўсюджванне кампаніі Solid Vision масава прывяло не толькі да "Экшн-паядынкаў", але і дапамагло палепшыць горад у выратаванні жыцця і аднаўленні шкоды ў выпадку катастрофы, стаўшы жыццёва важным
